Alianţa Evanghelică din România a fost fondată de un grup de 57 de păstori şi lideri de biserici, de la cultele Baptist, Creştin după Evanghelie, Penticostal, Biserica Evanghelică Română, Oastea Domnului şi Biserica Lutherană Bucureşti. Aceştia s-au întâlnit în 13 martie 1990 la Biserica Baptistă „Sfânta Treime” din Bucureşti. Ideea i-a aparţinut pastorului Iosif Ţon, cel care a venit şi cu modelele Alianţelor Evanghelice din SUA şi Anglia, cu care era deja familiarizat.
La prima întâlnire s-a stabilit înfiinţarea Alianţei, Crezul şi Statutul acesteia. A fost înregistrată la Tribunalul Bucureşti ca personalitate juridică, şi s-a afiliat la Federaţia Mondială Evanghelică şi Federaţia Evanghelică Europeană.
În decursul celor 25 de ani de existenţă au avut loc şapte congrese: Sala Palatului Bucureşti (19-21 octombrie 1990), Sala Palatului Bucureşti (07-09 octombrie 1994), Palatului Copiilor Bucureşti (30-31 octombrie 1998), Biserica Antiohia Bucureşti (25-26 octombrie 2002), Universitatea Emanuel Oradea (22-23 septembrie 2006), Biserica Speranţa Oradea (03-04 iunie 2011) şi Biserica Speranţa Arad (01-02 octombrie 2015).
A fost condusă de opt preşedinţi, dintre care: trei baptişti (Vasile Alexandru Taloş – opt luni, Paul Negruţ – două mandate – şi Viorel Iuga – în exerciţiu), trei penticostali (Emil Bulgăr, Moise Ardelean – patru luni – şi Ioan Moldovan), doi creştini după Evanghelie (David Ciucur şi Virgil Achihai). Potrivit statutului, Alianţa este condusă câte patru ani prin rotaţia cultelor membre.
Au fost adoptate trei statute de organizare şi funcţionare: 1990 – 2o articole, 1998 – şase capitole şi 35 de articole, 2011 – şase capitole şi 35 de articole.
Membrii Alianţei sunt Biserica Creştină Baptistă, Biserica Creştină după Evanghelie şi Cultul Penticostal. Dar, pe parcurs, au mai fost membri: Biserica Evanghelică Română (1990-1998), Biserica Lutherană Bucureşti (1990-2002), Grupul Evanghelic „Oastea Domnului” Galaţi (1990-2008), Societatea Misionară Română şi Societatea Penticostală de Misiune Creştină din România.
A desfăşurat mai multe proiecte ample, cu întindere naţională, precum: Filmul Isus (1991-1997), Cartea Cărţilor şi Casa Zburătoare la Televiziunea Română (1991-1992), tipărirea de Biblii şi Noi Testamente, proiectul agricol, donaţii pentru spitale şi familii nevoiaşe, evanghelizări şi conferinţe pastorale, olimpiada de religie (2010-prezent) ş.a. De asemenea, a fost vocea de protest a evanghelicilor în diverse cazuri, afirmând valorile biblice într-o societate seculară şi imorală.
La invitaţia Alianţei, România a fost vizitată de lideri creştini marcanţi precum: Samuel Kamaleson, Luis Palau, Aril Evardsen, David Yonggi Cho, Richard Wurmbrand, Dan Owens, John Piper, Josh McDowell ş.a.
Alianţa a fost un fenomen al anilor ’90, şi nu numai, dar la timpul actual este mai mult o instituţie reprezentativă a evanghelicilor din România, atunci când e cazul, şi nu mai are dinamica şi implicarea de odinioară. La bilanţul celor 25 de ani e necesară şi o reafirmarea a acesteia.